Spotkanie rozpoczęło słowo biskupa toruńskiego Andrzeja Suskiego - Wielkiego Kanclerza Wydziału Teologicznego naszego Uniwersytetu. Ksiądz Biskup wyraził wdzięczność Papieżowi oraz uczucia miłości i czci, jakie żywi cały naród polski „dla Następcy św. Piotra i syna polskiej ziemi”. Następnie Pasterz diecezji toruńskiej wspomniał wizytę Ojca Świętego w Toruniu przed 5 laty i słowa, które wówczas Papież skierował do świata nauki: „ludziom nauki oraz ludziom kultury powierzona została szczególna odpowiedzialność za prawdę - dążenie do niej, jej obrona i życie według niej”. Na koniec Ksiądz Biskup poprosił Ojca Świętego o apostolskie błogosławieństwo.
Następnie rektor - prof. Jan Kopcewicz odczytał laudację, w której zaznaczył: „Jednomyślna decyzja Senatu naszego Uniwersytetu w tej sprawie wyraża szacunek i uznanie dla Ciebie, Ojcze Święty, jako największego autorytetu współczesnego świata, wielkiego męża stanu, orędownika pokoju i przyjaźni, gorącego polskiego patrioty, budzącego w Polakach poczucie dumy narodowej i pragnienie wolności”.
Po wystąpieniu Rektora ks. prof. Jerzy Bagrowicz, dziekan Wydziału Teologicznego UMK, odczytał łaciński tekst doktoratu, po czym przekazano Ojcu Świętemu dyplom o nadaniu tytułu doktora honoris causa UMK, a także epitage (biało-czerwoną szarfę z godłem uczelni, wyhaftowaną złotą nicią). Papież otrzymał również obraz, który przedstawia ołtarz Drzewo Życia z kościoła św. Jakuba w Toruniu.
Po tej ceremonii wszyscy w skupieniu wysłuchali słów, które skierował do uczestników audiencji Jan Paweł II.
Papież pozdrowił wszystkich, następnie wspomniał spotkanie ze światem nauki polskiej w 1999 r. w Toruniu i nawiązując do słów wówczas wypowiedzianych, przypomniał o odpowiedzialności naukowców i ludzi kultury za prawdę. Na koniec Ojciec Święty pozdrowił całą społeczność uniwersytecką, a także wszystkich mieszkańców Torunia i udzielił apostolskiego błogosławieństwa.