Po wkroczeniu 28 września oddziałów Armii Czerwonej do Przemyśla rzeka San stała się linią demarkacyjną rozdzielającą miasto na część północną „Zasanie”, zajętą przez Niemców i prawobrzeżną, podporządkowaną władzy radzieckiej.
Na siedzibę władz administracyjnych miejskich, a później starościńskich, Niemcy zajęli gmach należący do Sióstr Opatrzności Bożej przy ul. Krasińskiego. W kamienicy przy ul. Krasińskiego 29 znajdowała się siedziba Gestapo. Niektóre urzędy magistrackie, z braku miejsca w gmachu przy ul. Krasińskiego, znalazły pomieszczenie w koszarach 38. pp przy ul. 3 Maja.
Po rozpoczęciu działań wojennych - 22 czerwca 1941 r. - władze wojskowe zarządzały miastem do 1 sierpnia 1941 r. Po tym okresie Przemyśl prawobrzeżny przeszedł pod władzę administracji cywilnej. Obie części miasta połączone zostały dopiero rozporządzeniem „rządu” GG z 1 listopada 1941 r. pod jedną wspólną nazwą „Przemyśl”. Tym samym granica - którą można było przekroczyć jedynie posiadając wydawaną przez Niemców przepustkę - dzieląca miasto na dwie części, została zniesiona. Niemal wszystkie gmachy (szkoły, seminaria duchowne i inne) zostały zajęte przez wojsko na koszary i szpitale.
W Przemyślu przebywały znaczne liczby wojsk niemieckich, oddziały sprzymierzone i satelickie (węgierskie, włoskie, słowackie), a także oddziały Legionu Wschodniego (828. turkmeński batalion).
W lutym 1940 r. została powołana w Warszawie Rada Główna Opiekuńcza. Kilka miesięcy później - zgodnie z wymaganiami statutu zatwierdzonego przez władze Generalnego Gubernatorstwa - jej siedziba została przeniesiona do Krakowa. Rada główna Opiekuńcza powołała Rady Opiekuńcze Miejskie, które następnie zostały przekształcone w Polskie Komitety Opiekuńcze (Pol. KO). Stworzona struktura była dokładnie kontrolowana przez Niemców.
W Przemyślu władze okupacyjne zlikwidowały wszystkie organizacje polskie, z wyjątkiem działającego do końca września 1939 r. Komitetu Pań Polskiego Czerwonego Krzyża. Opiekował się on schroniskami dla dzieci i starców oraz organizował pomoc dla uchodźców. Podobnie jak w innych miastach, utworzono Polski Komitet Opiekuńczy, Ukraiński Komitet Narodowy i Żydowską Radę Starszych. 1 lipca 1941 r. Komenda miasta powołała komitety narodowościowe: polski, ukraiński i żydowski. W sierpniu tegoż roku powstał oddział Rady Głównej Opiekuńczej, działający niezależnie w Przemyślu południowym aż do połączenia się z oddziałem zasańskim, co nastąpiło 12 stycznia 1942 r.
Jesienią 1941 r. odbyło się wspólne - najprawdopodobniej jedyne - posiedzenie Pol. KO z Komitetem Ukraińskim w sprawie „…przesiedlania Żydów do dzielnicy Garbarze oraz przesiedlania Polaków z tejże dzielnicy do centrum miasta”.
W tym okresie potrzeby z zakresu opieki społecznej były olbrzymie. Przydziały otrzymywane na kartki stanowiły równowartość zaledwie 600 kalorii dziennie. W Przemyślu przypadało dziennie 15 dkg chleba na osobę dorosłą i 10 dkg na dziecko. Przydziały mięsa (wyłącznie wołowego) wynosiły 40 dkg na miesiąc, oprócz tego można było zakupić 1 kg buraczanej marmolady i niekiedy kilka dekagramów margaryny i cukru na kartki dla małych dzieci. Przez cały czas okupacji ludność nie otrzymywała ani dekagrama tłuszczu wieprzowego i prawdziwego mydła. Węgla przydzielano 50 kg na miesiąc i to tylko w okresie zimowym. Natomiast wynagrodzenie za pracę (mieli ją tylko nieliczni) utrzymywał okupant na poziomie przedwojennym. Dużym problemem były szerzące się głównie wśród dzieci choroby (tyfus, świnka, odra, koklusz). Warunki życia pogarszały transporty uchodźców z Wołynia; 20 dzieci z tych transportów umieszczono w ochronce kolejowej. Na ich utrzymanie zarząd ochronki otrzymał po 100 zł miesięcznie na dziecko.
Z protokołu z posiedzenia Polskiego Komitetu Opiekuńczego w Przemyślu odbytego - pod przewodnictwem Romana Kroguleckiego - 26 grudnia 1942 r. wynika, że dysponował on zaledwie ok. 300 kg cukru „…który w wyjątkowych wypadkach przydziela się dla chorych dzieci…”. Prowadzenie kuchni ludowych - w ramach których wydawano nie tylko obiady, ale również drugie śniadania dla dzieci - było możliwe dzięki subwencjom Zarządu Miasta.
Sytuacja finansowa Komitetu uległa pewnej poprawie dopiero na początku 1944 r. Po raz pierwszy jego dochody (45.006.59) były wyższe od wydatków (36.341.71). Stało się tak głównie za sprawą ofiarności lokalnego społeczeństwa (19.799.59 zł). Podobnie jak w poprzednich miesiącach dokonano podziału żywności pomiędzy następujące zakłady opiekuńcze: przytułek dla starców prowadzony przez braci Albertynów, ochronka Sióstr Felicjanek, ochronka św. Jadwigi, ochronka kolejowa Sióstr Sercanek (w 1943 r. opiekę w jej murach znalazło 60-80 dzieci, były wśród nich i dzieci żydowskie), ochronka Sióstr Bożej Opatrzności, zakład im. Ziemiańskiego, sierociniec Księży Salezjanów, sierociniec im. Piłsudskiego, zakład Sióstr Felicjanek, zakład Sióstr Karmelitanek oraz żłobek Sióstr Albertynek.
W lutym 1944 r. Pol. KO informował Radę Główną Opiekuńczą o panującej w obozie (Durchgangslager) uchodźców w Bakończycach epidemii tyfusu plamistego, „która przez personel obozu (150 osób) zawleczona została do miasta, gdzie stwierdzono 50 przypadków”. Należy w tym miejscu dodać, że przez obóz w Bakończycach przechodziło dziennie ok. 2 tys. uchodźców głównie z Wołynia i ze wschodniej Małopolski.
W okresie od 1 listopada 1943 r. do 29 lutego 1944 r. na pomoc uchodźcom Pol. KO w Przemyślu przeznaczył w gotówce ponad 30 tys. zł. Ponadto wydano: 400 kg soczewicy, 50 kg kaszy, 3.613.90 kg mąki, 120 szt. mydła, 250 szt. proszków do prania, 321 szt. odzieży wierzchniej, 123 sztuk bielizny, 505 szt. obuwia, 16 m płótna i ponad 159 m flaneli. Część z tych rzeczy została zakupiona z środków pochodzących z funduszy RGO.
Jak już wspomniano, na terenie Przemyśla w okresie okupacji sowieckiej i hitlerowskiej prowadziło działalność kilka zakładów i ochronek należących do zgromadzeń zakonnych. Wśród nich był zakład dla sierot - Dom Bł. Angeli - który był prowadzony przez Siostry Felicjanki. We wrześniu 1939 r. przebywało w nim 45 dziewcząt. Na skutek działań wojennych większa część z nich musiała opuścić mury zakładu; ich miejsce zajęli uchodźcy. Od lutego 1940 r. urządzono tu żłobek dla niemowląt. Po opuszczeniu miasta przez wojska radzieckie, Niemcy przenieśli dzieci ze żłobka do zakładu ukraińskiego i do Zakładu Sióstr Bożej Opatrzności na Zasaniu. W żłobku pozostały tylko 4 sieroty. W 1943 r. liczba sierot wzrosła do 25, a w 1944 r., kiedy zakład podczas ofensywy wojsk radzieckich został bardzo zniszczony - do 47.
W okresie okupacji hitlerowskiej dużą rolę w ratowaniu Żydów odegrało w Przemyślu duchowieństwo katolickie obu obrządków - rzymskokatolickiego i greckokatolickiego, jak też instytucje kościelne, a szczególnie zakony żeńskie. Ukrywaniem rodzin żydowskich oraz dzieci żydowskich zajmowały się Siostry Służebnice Najświętszego Serca Jezusowego, benedyktynki i felicjanki. Siostry sercanki, prowadzące w okresie wojny Dom Sierot przy ul. Mickiewicza, przechowywały osierocone lub wydobyte z getta przemyskiego dzieci żydowskie. S. Bernarda w swoich wspomnieniach zapisała: „Przebywałam w Przemyślu około czterech lat, od 1942 do 1945 r. Należałam do zakonu Sióstr Sercanek. W naszym sierocińcu było 13 żydowskich i około 40 polskich dzieci... Matką przełożoną naszego klasztoru była s. Emilia Józefa Makowska. Ja pracowałam razem z s. Ligorią Grendą. Żydowskie dzieci były doprowadzane przez jakąś nie znaną mi kobietę. Siostra przełożona nie mówiła nam szczegółów, żeby nie stwarzać zagrożenia. Im mniej wiedziałyśmy, tym lepiej. Ale ja wiedziałam, że niektórzy chłopcy byli obrzezani i z powodu strzelaniny w mieście wiedziałam, że są u nas żydowskie dzieci... Nie chrzciłyśmy żydowskich dzieci, ale chodziły one do kościoła, ponieważ oprócz nich były też dzieci polskie i ukraińskie… Pracowałyśmy dla Boga i poświęcałyśmy się dla dzieci…”.
Hedy Rosen - jedno z uratowanych przez polskie siostry zakonne żydowskich dzieci - kilkadziesiąt lat po wojnie pisała: „Moja matka słyszała, że w tym mieście (mowa o Przemyślu - R. T.) jest klasztor, który przyjmuje żydowskie dzieci, żeby je ratować przed Niemcami. Matka przebrała się za wieśniaczkę i zabrała mnie do sierocińca imienia św. Józefa prowadzonego przez siostry sercanki… Ja byłam pierwszym przyjętym przez nie żydowskim dzieckiem, a potem zaczęły przyjmować kolejne…”.
O tym wszystkim - w imię prawdy - nie wolno zapomnieć. Bez względu na to, czy się jest obywatelem Polski, USA, czy Izraela.