Rok 1235 jako początek obecności zakonników w Przemyślu funkcjonuje w świadomości franciszkanów, choć nie jest potwierdzony zapisami historycznymi. Ta data robi duże wrażenie, zważywszy na to, że pierwsi duchowi synowie św. Franciszka z Asyżu (1182-1226) dotarli w latach 30. XIII wieku do największych miast w Polsce. Zakonnicy zamieszkali najpierw we Wrocławiu (1236), Krakowie (1237), Opolu (1238) i Toruniu (1239).
Podaje się, że franciszkanie oficjalnie zamieszkali w Przemyślu w 1237 r., przy kościele św. Piotra. Było to prawie półtora wieku przed założeniem na tych terenach struktury administracyjnej Kościoła łacińskiego. Pierwsi zakonnicy przybyli do Przemyśla, według przypuszczeń, w 1235 r. Byli to misjonarze - o. Jakub Lackora i o. Maciej Ros, przez papieża Grzegorza IX wysłani w celach ewangelizacji Rusi.
W 1378 r. Eryk de Winsen herbu Mora, pierwszy biskup przemyski i duchowy syn św. Franciszka z Asyżu, prawnie zatwierdził klasztor franciszkański. Ufundował on zakonnikom nieduży kościół murowany pod wezwaniem św. Marii Magdaleny.
Istniejący do dzisiaj kościół późnobarokowy rozpoczęto budować w 1754 r., konsekrował go biskup przemyski Józef Kierski w 1778 r. Nadano mu wówczas drugi tytuł - Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny oraz oficjalnie ustanowiono przy nim sanktuarium maryjne. Rok wcześniej (1777) franciszkanin Piotr Karwosiecki, biskup krakowski i później przemyski, ukoronował papieskimi koronami znajdujący się w kościele cudowny obraz Najświętszej Maryi Panny Niepokalanie Poczętej.
Najnowsze dzieje obecności franciszkanów w Przemyślu wyznacza 1969 r., kiedy to bp Ignacy Tokarczuk erygował przy kościele parafię. Obecnie franciszkanie przemyscy najczęściej kojarzeni są z kultem Matki Bożej, są także znani jako duszpasterze miejscowego zakładu karnego. Posługę tę pełnią od grudnia 1982 r. Od kilkunastu lat prowadzą katechezę w ośrodku szkolno-wychowawczym dla osób niesłyszących i słabosłyszących, posługują się językiem migowym.
Zgodnie z wieloletnią tradycją, w ostatni weekend sierpnia w Przemyślu odbywa się Wincentiada, czyli dni patrona miasta - św. Wincentego. Główne uroczystości odbywają się w kościele franciszkańskim, nawiązują do dramatycznych wydarzeń z 1657 r., kiedy to książę Rakoczy z Siedmiogrodu wraz z Tatarami oblegał Przemyśl. Kiedy wydawało się, że nic nie uchroni grodu przed zagładą, franciszkanie prawie 350 lat temu przeszli w procesji ulicami miasta, niosąc relikwie św. Wincentego, znajdujące się w ich kościele od XVI wieku. Wystawili je później w jednej z bram miasta, zwanej Wodną, i razem z mieszkańcami żarliwie modlili się o ocalenie. Ku zaskoczeniu i ogromnej radości obrońców, najeźdźcy odstąpili od oblężenia.