Jak podkreślił abp Michalik, Kraków jest szczególnym miejscem „pielęgnowania ideałów Kościoła i Ojczyzny”. „Dziękujemy Panu Bogu za trud wielkich świętych: abp. Felińskiego i ks. Bukowińskiego. Ale ten trud się nie skończył, trzeba bowiem wspomnieć również tych kapłanów, którzy obecnie poszli w chłonny duszpastersko teren na Wschodzie, krzewiąc wiarę i polskość” – mówił emerytowany metropolita przemyski.

Kustosz papieskiego sanktuarium ks. Jan Kabziński zauważył, że nowa kaplica jest nie tylko miejscem uczczenia świętych kanonizowanych, ale również tych niekanonizowanych, którzy ginęli na „nieludzkiej ziemi”. „Będzie również naturalnym miejscem na oddanie modlitewnego hołdu tym wszystkim, którzy dla wolnej Polski doświadczyli gehenny Wschodu, zsyłani i więzieni” – dodał.

Projektantem kaplicy jest architekt Andrzej Mikulski. W tle krzyża znajdzie się dodatkowo malowidło przedstawiające prawdopodobnie innych świętych lub sługi Boże, którzy byli zesłani na Wschód. Dla podkreślenia więziennego charakteru zsyłek w kaplicy umieszczono dwie kraty. Zostanie również wykonana krata oddzielająca kaplicę od korytarza, na której znajdzie się łaciński napis "Crux mihi salus" (Krzyż moim zbawieniem). Na jednej ze ścian, na tle wymalowanego drutu kolczastego pojawią się stacje Drogi Krzyżowej. Na ścianach umieszczono również cytaty z wypowiedzi patronów kaplicy oraz poświęconych im słów Jana Pawła II.

Kaplica powstała dzięki staraniom Zgromadzenia Sióstr Franciszkanek Rodziny Maryi założonego przez św. Zygmunta Szczęsnego Felińskiego oraz Stowarzyszenia im. Ks. Władysława Bukowińskiego „Ocalenie”.

Abp Zygmunt Szczęsny Feliński na zesłaniu w Jarosławiu na Wołgą przebywał 20 lat, deportowany w 1863 roku przez władze carskie z Warszawy po wybuchu powstania styczniowego. Po uwolnieniu mieszkał w Dźwiniaczce na Podolu galicyjskim. Zmarł w Krakowie. Założył m.in. Zgromadzenie Franciszkanek Rodziny Maryi. Abp Feliński został kanonizowany w 2009 roku.

Ks. Władysław Bukowiński po ukończeniu studiów prawniczych na Uniwersytecie Jagiellońskim wstąpił do krakowskiego seminarium duchownego. Święcenia kapłańskie otrzymał w 1931 roku z rąk abp. Adama Stefana Sapiehy. Trzy lata później zaczął posługę w diecezji łuckiej. Był wielokrotnie aresztowany przez władze sowieckie. Po uwolnieniu odmówił powrotu do Polski i pozostał na zesłaniu w Kazachstanie, służąc pomocą duchową tysiącom katolików-zesłańców - Polakom, Niemcom i Ukraińcom. Wyprawiał się na dalekie wyprawy misyjne w najdalsze zakątki Związku Sowieckiego. Był za to prześladowany i ponownie aresztowany przez władze sowieckie. Zmarł w kazachskiej Karagandzie. Został beatyfikowany w Kazachstanie 11 września 2016 roku.

Spośród siedmiu kaplic w Sanktuarium św. Jana Pawła II największą jest Kaplica Kapłańska, w której znajduje się płyta z jego grobu oraz kopia cudownego wizerunku Matki Bożej Kalwaryjskiej. W kościele znajdują się także: Kaplica Pojednania, w której odbywa się spowiedź św. oraz krypty grobowe, gdzie w kamiennych sarkofagach spoczywają zmarli kardynałowie: Andrzej Maria Deskur oraz Stanisław Nagy. Wyjątkowy charakter ma kaplica św. Kingi ufundowana przez Kopalnię Soli w Wieliczce. W jej centralnej części znajduje się wykonana z soli figura świętej, zaś ściany zdobią solne płaskorzeźby przedstawiające sceny z Ewangelii.