Kościół parafialny pw. Najświętszej Maryi Dziewicy Bogarodzicy Matki Miłosierdzia i Świętych Apostołów Piotra i Pawła został ufundowany 31 października 1465 r. Fundatorem świątyni był sędzia brański i bielski (1451-1465) Wit (zm. przed 1470) i jego żona Dorota z Łyczków (zm. przed 1501), którzy nadali cztery włóki ziemi oraz dziesięciny z Chrościanki, Widźgowa i Hołubli. Reprezentantami ks. Jana Łosowicza (zm. po 6 marca 1481), ówczesnego biskupa łuckiego (1463-1568), w chwili fundacji byli: ks. Tomasz, pleban z Przesmyk i ks. Jakub, pleban z Perlejewa (zm. ok. 1475). Kościół został uposażony między innymi w dziesięciny, cztery włóki ziemi i trzech kmieci. Pierwszym plebanem w Dołubowie został ks. Marcin, o którym mówią akta Konsystorza Janowskiego, aż do 1480 r.
22 lutego 1501 r. Aleksander Jagiellończyk, wielki książę litewski (1492-1506), potwierdził Janowi Steczkowiczowi (Steczko) Dołubowskiemu zwanemu Cybulka oraz staroście drohickiemu (1501-1506), marszałkowi hospodarskiemu (1520-1541), posiadanie wsi Dołubowo po ciotce Dorocie z Łyczków Dołubowskiej. Przypuszczalnie ona też ufundowała altarię ku czci św. Leonarda, uposażając ją w trzy włóki ziemi i poszerzając wcześniejsze nadania o ogród, karczmę, łąkę (Mokrzec), staw rybny, itd.
Pierwszy drewniany kościół przetrwał do 1645 r., kiedy to z nieznanych przyczyn uległ zniszczeniu. Kolejny kościół na podwalinach sosnowych pw. Świętych Apostołów Piotra i Pawła został oddany do kultu 20 maja 1724 r., staraniem ks. Grzegorza Sakowicza (1700-1726). Jego fundatorami byli ówcześni właściciele Dołubowa: łowczy (1703-1713) i cześnik bielski (1713-1744) Michał Karwowski, h. Pniejnia (zm. 5 października 1744 r.) i jego żona Joanna Orzeszko, oraz cześnik wyszogrodzki Władysław Józef Markowski (1663-1748) i jego żona Łucja Orzeszko (siostra Joanny). Konsekracji świątyni dokonał 8 listopada 1745 r. ks. Franciszek Antoni Kobielski (1679-1755), biskup łucki i brzeski (1739-1755), kiedy funkcję proboszcza (1727-1761) pełnił ks. Tomasz Zaręba (zm. 1761).
Parafia dołubowska, a zwłaszcza jej proboszcz (1784-1807) ks. Antoni Kierznowski (1744-1807), żywo włączali się w ruchy narodowo-wyzwoleńcze. W czasie Insurekcji Kościuszkowskiej (1790-1794) jeden dzwon został wzięty przez Komisję Porządkową Ziemi Drohickiej (1794). Natomiast w czasie powstania styczniowego 3 maja 1864 r. został osadzony w więzieniu w Bielsku Podlaskim, a następnie 3 października 1864 r. wywieziony do guberni tomskiej ks. Jan Witkowski (ur. 1823), proboszcz dołubowski (1856-1864) - za pomoc i zachęcanie ludzi do udziału w powstaniu. W latach 1866-1919 proboszcz z Dołubowa otaczał opieką duszpasterską wiernych i kościół w Dziadkowicach, który został zamknięty w ramach represji popowstaniowych.
Obecny, murowany kościół w stylu neogotyckim, został wzniesiony w pierwszych latach XIX w. (1902-1904), dzięki staraniom miejscowego dziedzica, komisarza powiatu bielskiego w powstaniu styczniowym - Ludwika Kajetana Pieńkowskiego (1830-1905) i jego małżonki Wiktorii Władyczańskiej (1845-1894), a także ks. Wincentego Gabszewicza (1833-1910), proboszcza dołubowskiego (1901-1907). Ołtarz główny, ambonę i chrzcielnicę wykonała w roku 1910 firma Józef Szpetkowski i S-ka z Warszawy, dzięki staraniom ks. Antoniego Dawidowicza (prob. 1907-1910) oraz Stanisława Jakuba Łowickiego (1862-1941), ówczesnego właściciela Dołubowa (1907-1939). Konsekracji świątyni dokonał w 1927 r. bp Zygmunt Łoziński (1870-1932), ordynariusz piński (1925-1932).
W ogrodzie parafialnym stoi murowana plebania zbudowana w latach 1975-1978, staraniem ks. Zenona Pietrzuczaka (1935-2002), proboszcza dołubowskiego (1970-1979).
W latach 1999-2000 został wykonany, staraniem ks. prob. Józefa P. Poskrobko, generalny remont wieży kościelnej uszkodzonej przez uderzenie pioruna.

Porządek Mszy św.:
- niedziele i święta:
- kościół parafialny: 9.00, 11.00
- kaplica w Puchałach Starych: 13.00 (co druga niedziela)
- święta nie będące dniami wolnymi od pracy:
- kościół parafialny: 11.00, 16.00

Odpusty w parafii: Świętych Apostołów Piotra i Pawła - 29 czerwca; Matki Bożej Anielskiej - 2 sierpnia

Nabożeństwo adoracyjne: sobota - poniedziałek przed Uroczystością Matki Kościoła

Księgi metrykalne:
Księgi Chrztów: od 1945 r.
Księgi Małżeństw: od 1945 r.
Księgi Zmarłych: od 1945 r.

Bibliografia: M. Kałamajska-Saeed (red.), Województwo Białostockie. Siemiatycze. Drohiczyn i okolice (Katalog Zabytków w Polsce, t. XII z. 1), Warszawa 1996; S. Mazur, Dzieje parafii rzymskokatolickiej w Dołubowie w latach 1465-1939, Lublin 1991 (mps).