Świątynia stoi na miejscu, gdzie w XVII w. znajdował się kościół jezuitów Świętego Krzyża. W XVIII stuleciu zbudowano tu nowy kościół noszący wezwanie św. Andrzeja Apostoła. Przy nim powstał klasztor Panien Kanoniczek. Kościół - wraz z klasztorem - poważnie ucierpiał podczas II wojny światowej. W czasie Powstania Warszawskiego mieściła się tu reduta powstańców i szpital. Msze św. odprawiano w kościele do 1953 r., a następnie - na mocy decyzji władz komunistycznych - świątynia została zburzona. W 1998 r. został położony kamień węgielny pod jej odbudowę, a 13 czerwca 1999 r. na chwilę zatrzymał się przed nią i poświęcił ją Jan Paweł II.
Uroczystość wprowadzenia relikwii św. Andrzeja Apostoła rozpocznie się 30 listopada o godz. 16.00 od uroczystej Mszy św. koncelebrowanej w archikatedrze św. Jana Chrzciciela pod przewodnictwem kard. Józefa Glempa, Prymasa Polski. W liturgii weźmie udział Zespół Pieśni i Tańca „Śląsk”. Następnie o godz. 17.00 z archikatedry wyruszy procesja z relikwiami, która przejdzie do kościoła Środowisk Twórczych. Tu o godz. 18.00 przewidziane jest nabożeństwo ekumeniczne z udziałem hierarchów Kościoła katolickiego i prawosławnego.
Zamiarem ks. prał. dr. Wiesława Aleksandra Niewęgłowskiego jest, aby sanktuarium św. Andrzeja Apostoła na placu Teatralnym otworzyło swoje podwoje dla wszystkich chrześcijan i stało się miejscem wspólnej modlitwy katolików i prawosławnych. Prawosławni uznają św. Andrzeja za najważniejszego ze świętych.
Wcześniej, 18 października delegacja Duszpasterstwa Środowisk Twórczych z ks. prał. Niewęgłowskim przebywała w Amalfi k. Neapolu, gdzie od 800 lat spoczywają relikwie Świętego. Tu w obecności kard. Józefa Glempa, miejscowy arcybiskup przekazał Polakom cząsteczkę relikwii Apostoła.