Kościół katolicki jako jedyna niezależna instytucja cieszył się dużym poparciem społecznym, stąd każdy atak na jego autonomię wywoływał niemal natychmiastową reakcję obronną, i to nie tylko ze strony duchowieństwa, ale przede wszystkim społeczeństwa, które swe poparcie manifestowało głównie przez masowy udział w uroczystościach religijnych. Uczestnictwo w nabożeństwach traktowano jako wyraz przywiązania do tradycji narodowej i jako przejaw opozycji wobec powojennej władzy. Warto zaznaczyć, że we włocławskich kościołach jeszcze w końcu 1947 r. wierni śpiewali: Ojczyznę wolną racz nam wrócić, Panie.
W bezpośredniej konfrontacji pomiędzy władzą świecką a Kościołem, zwłaszcza gdy stronę świecką reprezentowała PPR lub PZPR, opinia publiczna opowiadała się najczęściej po stronie Kościoła. Zdarzały się nawet wypadki czynnego oporu, np. w Nieszawie w 1945 r., gdzie tłum wiernych stanął po stronie ks. Antoniego Kiszkurno i pobił do nieprzytomności milicję, która chciała go aresztować zaraz po wyjściu z kościoła. Za zaistniałą sytuację ks. Kiszkurno skazano 3 czerwca 1946 r. na 3 lata więzienia i 2 lata pozbawienia praw obywatelskich.
Do podobnej konfrontacji, ale na wyższym szczeblu, doszło pomiędzy bp. Karolem Radońskim a Remigiuszem Waberskim. Na początku 1948 r. Ordynariusz włocławski zwrócił się z apelem do wojska i policji o uczestnictwo w uroczystościach Bożego Ciała. W odpowiedzi I sekretarz KM PPR Remigiusz Waberski zakazał członkom partii brania udziału w tym święcie i polecił zorganizowanie konkurencyjnych zabaw ludowych dla wojska i młodzieży, co miało odciągnąć przynajmniej część ludzi od tradycyjnej procesji. Jak wynika ze sprawozdania KM PPR we Włocławku za maj 1948 r., większość członków poczuła się obrażona na sekretarza i wbrew jego zakazowi wzięła udział w procesji, za co bp K. Radoński podziękował w specjalnym liście skierowanym do mieszkańców Włocławka. W całej tej sytuacji miejska organizacja podzieliła się na dwa obozy i wedle miejscowej opinii społecznej zwycięsko wyszedł z konfrontacji bp K. Radoński, a nie sekretarz.
Warto przypomnieć, iż w diecezji włocławskiej w tym okresie aresztowano jeszcze innych księży, jak: ks. Jana Węckiewicza (Więckiewicza) z Aleksandrowa Kujawskiego (10 maja 1945 r.), kamilianina Antoniego Sołtysińskiego, ks. Józefa Burzyńskiego - orionistę z Radziejowa Kujawskiego (1946), późniejszego administratora parafii Kłotno. 5 stycznia 1948 r. aresztowano wikariusza z Sieradza ks. Jana Szczesiaka, a rok później uwięziono ks. A. Samulskiego (wyszedł na wolność w 1952 r.). Najwyższy wyrok: 15 lat więzienia wymierzono aresztowanemu 2 sierpnia 1949 r. ks. Wacławowi Oponowiczowi (wyszedł na wolność w 1955 r.). Nałożoną karę dwaj ostatni z wymienionych księży odbywali we Wronkach.
Do walki z Kościołem wykorzystywano także różne organizacje pozapartyjne, które wprawdzie miały formalną autonomię, lecz faktycznie stanowiły przybudówki PPR i PZPR. W politycznym opanowaniu młodzieży kluczową rolę odgrywał Związek Walki Młodych (ZWM), a po zjednoczeniu ruchu młodzieżowego w lipcu 1948 r. Związek Młodzieży Polskiej (ZMP).
Należy pamiętać, że przynależność do ZMP w dużej mierze była wymuszona, szczególnie gdy chodzi o młodzież szkół średnich. Ta zaś 3 i 4 maja 1946 r. demonstrowała na ulicach Włocławka przeciw „władzy ludowej”. Wydarzenia miały dramatyczny przebieg, byli zabici i ranni. Była to prowokacja polityczna, dlatego bp K. Radoński zrezygnował z mediacji, a PPR zaczęła zwracać większą uwagę na polityczne opanowanie szkół średnich przez rozbudowę struktur organizacyjnych ZMP.
Najbardziej oporne wobec oddziaływania ZMP były gimnazja katolickie. W męskim Gimnazjum im. ks. Jana Długosza sprawy przybrały bardziej dramatyczny obrót, gdyż grupka uczniów oskarżyła dyrektora ks. Władysława Mirskiego i kierownika bursy ks. Wincentego Ciszewskiego o dyskryminowanie wychowanków za przynależność do ZMP. Uczniów tych wezwano do KM PPR na przesłuchania, które rzekomo potwierdziły zarzuty wobec dyrekcji; protokóły z zeznań wysłano do Bydgoszczy. Należy zaznaczyć, iż wbrew oskarżeniom sekretarza KM PPR we Włocławku A. Nowakowskiego uczniów tych, zgodnie z późniejszym oświadczeniem dyrektora Gimnazjum Ziemi Kujawskiej Stanisława Sobczaka, usunięto z Gimnazjum nie za przynależność do organizacji młodzieżowych, ale za brak postępów w nauce.
Zaistniały w Gimnazjum im. ks. Jana Długosza incydent PPR wykorzystała jako pretekst do generalnego ataku na katolickie szkolnictwo. Na mocy decyzji ministerstwa oświaty gimnazja katolickie utraciły status szkół państwowych jeszcze w trakcie roku szkolnego 1947/48. W maju 1948 r. siostry urszulanki zwróciły się do ministerstwa oświaty w sprawie cofnięcia tej decyzji i zezwolenia na prowadzenie gimnazjum jako szkoły państwowej do końca roku szkolnego. Starania zakonnic poparło Prezydium MRN, natomiast KM PPR obronę tych gimnazjów traktowało jako przejaw postawy reakcyjnej. Jednak jesienią 1948 r. urszulanki zlikwidowały zakład, a gmach oddały Szkole Podstawowej nr 8. Budynek Gimnazjum im. ks. Jana Długosza przy ul. Łegskiej 4 przejęto na potrzeby Państwowej Powszechnej Szkoły dla Dorosłych.

Cdn.