Pierwsza udokumentowana wzmianka o kościele pochodzi z roku 1366. W pierwszej połowie XIV wieku do romańskiej części kościoła dobudowano wschodnią część dzisiejszego korpusu kościoła, południową kaplicę poświęconą Najświętszej Maryi Pannie, oraz wieżę, która wkomponowana została w miejski system fortyfikacyjny. Podczas wojen husyckich, w 1426 r. wieża została zburzona przez wojska oblegające Bystrzycę Kłodzką. Po pożarze, jaki miał miejsce w 1475 r., kościół został odbudowany, a pod koniec XV wieku nastąpiła dalsza jego rozbudowa, m.in. prezbiterium zamknięto wielobocznie. Na początku XVI wieku dobudowano południową nawę boczną oraz przylegającą do niej kruchtę. W czasie reformacji, w 1564 r. świątynia na ponad pół wieku przejęta została przez protestantów. W 1585 r. południowa kruchta została rozbudowana, a nad nawą boczną zbudowano emporę. W 1676 r. kościół pw. św. Michała Archanioła poddany został gruntownej renowacji, szczególnie jego wnętrze. W latach 1753 – 1823 świątynię kilkukrotnie nawiedzały pożary, jednak za każdym razem była odbudowywana. U schyłku XIX wieku bystrzycki kościół parafialny posiadał jeszcze formę barokową, jednak w latach 1914-15 dokonano jego przebudowy, głównie w stylu neorenesansowym. Prace prowadzone były według projektu Oskara Hossfelda, ucznia wrocławskiego architekta Karla Lüdecke. Rozbudowano wówczas bryłę kościoła w kierunku zachodnim. Zburzoną starą wieżę, zastąpiono nową wieżą południową, a od strony zachodniej i północnej dobudowano kruchty. Wnętrze kościoła częściowo otrzymało wystój w stylu neogotyckim. Do nawy kościoła wbudowano dwukondygnacjowy, wparty na słupach, drewniany i zabezpieczony pełną balustradą chór muzyczny, pokryty od spodu dekoracyjną polichromią. 2 stycznia 1950 r. decyzją wojewódzkiego konserwatora zabytków bystrzycki kościół został wpisany do rejestru zabytków. W pierwszej połowie lat 90. XX wieku przeprowadzony został kompleksowy remont świątyni.

Obecny kościół parafialny pw. św. Michała Archanioła w Bystrzycy Kłodzkiej to murowana budowla kamienno-ceglana, tynkowana. Korpus częściowo w stylu gotyckim, dwunawowy, halowy. Do korpusu i nawy bocznej przylega neorenesansowa wieża, u dołu czworoboczna, w górnej części ośmioboczna z galerią, zwieńczona trójprześwitowym hełmem. Jedyny oryginalny, wczesnorenesansowy portal zewnętrzny zachował się w elewacji kruchty południowej. W elewacji kruchty zachodniej znajdują się dwa bogato rzeźbione kamienne portale z niszami, gdzie usytuowane są figury św. Michała Archanioła i św. Floriana. Wnętrze kościoła w większej części posiada sklepienie krzyżowo-żebrowe. W neogotyckim ołtarzu głównym z 1845 r. umieszczona jest złocona i pokryta polichromią rzeźba Matki Bożej z Dzieciątkiem, pochodząca z XV wieku. Na uwagę zasługują nadto chrzcielnica wykonana z piaskowca w 1577 r., neogotycka ambona wybudowana z 1854 r. oraz organy świdnickiej firmy Schlag und Sohne z 1877 r., wmontowane w rokokowy prospekt organowy z 1778 r. autorstwa Petera Zeitziusa z Ząbkowic Śląskich. Późnobarokowe rzeźby św. Jana Nepomucena i św. Franciszka Ksawerego, wykonane przez Michała Ignacego Klahra w 1773 r., znajdują się w prezbiterium.

Filialnymi świątyniami parafialnego kościoła pw. św. Michała Archanioła w Bystrzycy Kłodzkiej są: kościół pw. św. Floriana w Bystrzycy Kłodzkiej, kościół pw. św. Jana Nepomucena w Bystrzycy Kłodzkiej, kościół pw. św. Anny w Zalesiu oraz kościół pw. św. Jana Chrzciciela w Wyszkach.

Kościół parafialny w Bystrzycy Kłodzkiej jest budowlą o dużych wartościach historycznych oraz kulturowych i ma niezwykłe wartości artystyczne. Można go zwiedzać przez cały rok, jednak zwiedzanie wnętrza świątyni możliwe jest po wcześniejszym uzgodnieniu telefonicznym z parafią.