W chwili rozpoczęcia soboru w 1962 r. sługa Boży był jeszcze młodym biskupem, ale cztery bardzo intensywne lata duszpasterzowania w Gorzowie i na terytorium administracji obejmującej 1/7 Polski dały mu już całkiem spore doświadczenie. Sobór przeżywał z wielkim zaangażowaniem, bardzo głęboko wziął też sobie do serca nauczanie soboru, przez wiele lat starając się później wprowadzać je w życie swojej diecezji i Kościoła w Polsce.

Sesja I

Sługa Boży znalazł się w gronie biskupów wyznaczonych do wyjazdu na I sesję soboru, długo jednak nie mógł dostać paszportu. 3 października 1962 r. pisał w liście do przewodniczącego Wojewódzkiej Rady Narodowej Jana Lembasa: „Skończy się tym, iż ewentualnie żaden z biskupów gorzowskich nie pojedzie na sobór, bo dziś już środa, w piątek wyjazd, a paszportów nie ma”. Ostatecznie, choć z opóźnieniem, bp Pluta otrzymał paszport i wraz z biskupem pomocniczym Ignacym Jeżem przybył do Rzymu. Adnotacja na paszporcie informuje, że wyjechał z Polski 10 listopada 1962 r. W Rzymie mieszkał na Awentynie w Papieskim Kolegium Polskim przy Piazza Remuria, podobnie jak podczas swych kolejnych pobytów w Wiecznym Mieście.

W trakcie I sesji soboru nasz biskup tylko raz zabierał głos. 5 grudnia 1962 r. z własnej inicjatywy wypowiedział się we wstępnej dyskusji nad schematem „O Kościele”. Mówił o konieczności podkreślenia życia łaski, życia świętości u wszystkich członków Kościoła, gdyż od tego zależy moc i wielkość Kościoła. Faktycznie ostatecznie w uchwalonej Konstytucji dogmatycznej o Kościele „Lumen gentium” powszechne powołanie do świętości zostało wyraźnie zaakcentowane.

28 grudnia 1962 r. przemawiał w Radiu Watykańskim, mówiąc o soborze jako dziele natchnionym dobrym sercem papieża Jana XXIII. Podkreślał też wyraźnie fakt, że w obradach soboru widać jego duszpasterski charakter, że chodzi w nim o żywego człowieka, a nie teoretyczne spory czy potępianie przeciwników. Odniósł się też do pracy duszpasterskiej w Polsce, do programu Wielkiej Nowenny przed Millennium. O tym przemówieniu pisał też w swoim liście dziękczynnym do Jana XXIII, który napisał 30 grudnia, jeszcze przed wyjazdem z Rzymu.

Sesja II

Bp Pluta miał jechać również na II sesję soboru na jesieni 1963 r., jednak mimo złożenia wniosku i odwołania do Ministerstwa Spraw Wewnętrznych nie otrzymał paszportu.

W notatkach służbowych Urzędu ds. Wyznań z tego okresu możemy o nim przeczytać: „Od kilku lat jest jednym z najbardziej agresywnych biskupów, działających bardzo szkodliwie”.

W związku z tym „szkodliwym” działaniem 8 lipca 1963 r. zostało przeciw niemu wszczęte z postępowanie w sprawie szkodliwej dla państwa działalności. Jak podaje urzędowe zawiadomienie, polegała ona na tym, że „podczas publicznych wystąpień w kościołach województwa szczecińskiego, a w szczególności w Szczecinie, Gryficach i Stargardzie, szkalował organy administracji państwowej i przedstawiał w fałszywym świetle stosunki między organami państwowymi a Kościołem w Polsce”.

A o czym były te kazania? Bp Wilhelm mówił m.in. o tym, że w Polsce zakonnice są wyrzucane ze szkół, szpitali i innych instytucji charytatywnych, o tym, że w 1962 r. 520 księży diecezji zostało ukaranych wysokimi grzywnami za nauczanie religii i organizowanie peregrynacji, a 5 zostało wtrąconych do więzienia.

Owocna III sesja

Na szczęście rok później paszport otrzymał i III sesja soboru była pełna owocnej pracy. Sługa Boży pozostawił nam z nie szczegółową relację, która znajduje się w Gorzowskich Wiadomościach Kościelnych (nr 4 z 1965 r.) jako „Dziennik pobytu Księdza Biskupa Ordynariusza w Rzymie”.

Biskupi polscy wyjechali na sobór 11 września 1964 r. pociągiem z Gdańska, do Rzymu dojechali po dwóch dniach, by 14 września w Bazylice św. Piotra uczestniczyć w Mszy św. inaugurującej III sesję soboru.

Bp Pluta szczególnie zaangażował się w prace nad schematami o apostolstwie świeckich i o posłudze biskupów. Zdawał także na ten temat relacje innym biskupom polskim. Przy opracowaniu niektórych zagadnień blisko współpracował z abp. Karolem Wojtyłą.

Jeszcze przed wyjazdem, w lecie 1964 r., bp Pluta na polecenie Komisji Soborowej Episkopatu dostarczył różne uwagi i propozycje dotyczące schematu „De cura animarum” (który później został zarzucony). Pisał w nich o konieczności duszpasterstwa rodzinnego, o aspekcie wychowawczym katechezy, o konieczności nauczania przedmałżeńskiego, dłuższego w formie kursu i krótszego przed zawarciem małżeństwa, o konieczności rekolekcji zamkniętych i dni skupienia, o nauczaniu rodziców, katechezie rodzinnej i o konieczności stworzenia podkomisji soborowej dla spraw rodziny.

22 września 1964 r. bp Pluta w imieniu Episkopatu Polski zabrał głos w sprawie schematu o pasterskich zadaniach biskupów w Kościele, przemawiając 9 minut. Poprzedniego wieczoru tekst został odczytany i zatwierdzony na konferencji Polskiej Komisji Soborowej w Papieskim Instytucie Polskim. Nasz biskup mówił o konieczności wydania jakiegoś dokumentu soborowego na temat duszpasterski, skoro schemat „De cura animarum” zniknął. Mówił też o konieczności wyakcentowania duszpasterstwa rodzinnego i zabrania głosu w sprawie aborcji.

12 października 1964 r. bp Pluta z własnej inicjatywy zabrał głos w dyskusji nad Dekretem o apostolstwie świeckich. Złożył pewne pisemne uwagi dotyczące schematu, zwłaszcza o tym, że praca charytatywna powinna być widziana jako środek, a nie cel pracy laikatu. Zabrał też głos w auli, mówiąc o konieczności stworzenia w dokumencie osobnego rozdziału poświęconego formacji duchowej apostołów świeckich, ze względu na wagę tego zagadnienia. W tej sprawie konsultował się wcześniej z abp. Wojtyłą i bp. Latuskiem.

15 października 1964 r. złożył na piśmie swoje propozycje dotyczące schematu „De vita et ministrio sacerdotali” (Dekret o posłudze i życiu kapłanów). Głos dotyczył umożliwienia uregulowania stosunku do Kościoła i życia sakramentalnego kapłanom upadłym, konieczności pouczania ludu przez biskupa i obowiązku utrzymania księży.

4 listopada 1964 r. bp Pluta interweniował w dyskusji nad schematem „O Kościele w świecie współczesnym” w kwestii paragrafu o kulturze. Nie został dopuszczony do głosu w auli ze względu na tempo prac, więc złożył uwagi pisemne. Jego interwencja podkreślała, że kultura duszy jest duszą kultury.

18 listopada 1964 r. z własnej inicjatywy złożył głos pisemny w dyskusji nad formacją seminaryjną. Pisał o pozytywnym ujmowaniu sensu i wartości celibatu, jako początku życia „bogomyślnego” (takiego słowa użył sługa Boży), o stworzeniu specjalnego kursu dla neoprezbiterów i o jego celu i programie wychowawczym.

Pobyt w Rzymie na soborze to nie tylko siedzenie w auli i praca nad papierami. Sobór był okazją do wielu nieformalnych dyskusji biskupów w mniejszych gremiach, w gronie polskim i międzynarodowym. Jak wynika z jego dziennika, bp Pluta uczestniczył w nich aktywnie.

3 października przemawiał w Radiu Watykańskim. Opowiadał o tym, jak wielkim i ciekawym wydarzeniem jest sobór sam w sobie, o wsłuchiwaniu się w Ducha Świętego. Mówił: „Kościół Boży szuka swymi wielkimi wysiłkami soborowymi drogi do Jezusa. Szuka tej drogi dla dzisiejszych ludzi umęczonych trudami i złem”.

Sesja IV

Władze państwowe uznały, że dla tak niepokornego biskupa udział w dwóch sesjach soboru to i tak dużo, więc na ostatnią sesję soboru bp Pluta paszportu nie dostał.

W telegramie z 10 października 1965 r. Prymas Wyszyński pisał do niego: „Ojciec Święty oczekuje przybycia biskupa największego terytorium kościelnego w Polsce na sobór”. A 22 listopada: „Ojciec Święty pragnie wysłuchać opinii dotyczącej podkomisji rodzin przed wydaniem deklaracji”. 28 listopada: „Oczekujemy przyjazdu Waszej Ekscelencji Ordynariusza Diecezji. Papież ponawia wezwanie”. Bp Pluta ponawiał starania o paszport, ale wreszcie odpisał w telegramie z 1 grudnia: „Chociaż wezwany przez papieża, nie mogę przyjechać. Nie otrzymałem paszportu mimo kilkakrotnych interwencji u władz”. Niestety.

Po soborze

Już słuchając i czytając materiały w czasie prac soborowych, bp Pluta myślał nad listami do diecezjan. Pierwszy z wielu listów, opracowań i rozporządzeń mających wprowadzać uchwały soboru w życie był list pasterski na zakończenie soboru z 23 listopada 1965 r. Znajduje się w nim zachęta do dziękczynienia, ale też do tego, by prosić o odwagę do wprowadzenia w życie nauki soboru i do apostołowania. Szczególnie zaś Sługa Boży podkreślał dwie rzeczy: powołanie każdego chrześcijanina do świętości i to, że Kościół to my wszyscy. Tak nauczał sobór.