Rozpoczęła się ona w ciszy. Ojciec Święty, ubrany w czerwony ornat, procesjonalnie podjechał na wózku inwalidzkim przed ołtarz główny świątyni i modlił się w ciszy. Następnie z miejsca przewodniczenia odczytał modlitwę rozpoczynającą Liturgię Słowa. Po wysłuchaniu przez zgromadzonych odśpiewanego po łacinie opisu męki i śmierci Jezusa Chrystusa z Ewangelii według św. Jana kazanie, zgodnie z tradycją tego dnia, wygłosił nie papież, lecz kaznodzieja Domu Papieskiego, którym od 44 lat jest włoski kapucyn, kard. Raniero Cantalamessa.

Stwierdził, że wywyższenie Jezusa na krzyżu pozwala poznać kim jest Bóg. „Mamy do czynienia z całkowitym obaleniem ludzkiej idei Boga i, do pewnego stopnia, również starotestamentowej idei Boga. Jezus nie przyszedł po to, by poprawiać i udoskonalać ideę Boga ukształtowaną przez ludzi, ale w pewnym sensie, by ją obalić i objawić prawdziwe oblicze Boga” - tłumaczył włoski kapucyn.

Wskazał, że Bóg jest wszechmocny, ale w obliczu ludzkich stworzeń „jest pozbawiony jakiejkolwiek zdolności, nie tylko ograniczającej, ale także obronnej”. „Nie może przejąć władzy, aby im się narzucić. Nie może zrobić nic poza uszanowaniem, w nieskończonym stopniu, wolnego wyboru ludzi. I tak właśnie Ojciec objawia prawdziwe oblicze swojej wszechmocy w swoim Synu, który klęka przed uczniami, aby umyć im nogi; w Tym, który sprowadzony do najbardziej radykalnej niemocy na krzyżu nadal miłuje i przebacza, nigdy nie potępiając” - zaznaczył papieski kaznodzieja dodając, że „prawdziwą wszechmocą Boga jest całkowita niemoc Kalwarii”.

„Cóż to za lekcja dla nas, którzy mniej lub bardziej świadomie zawsze chcemy się popisywać! Cóż to za lekcja szczególnie dla możnych tej ziemi! Dla tych spośród nich, którzy nawet nie myślą o służbie, a jedynie o władzy dla samej władzy” - zauważył 90-letni kardynał.

Zastanawiał się „czy triumf Chrystusa w Jego zmartwychwstaniu nie obala tej wizji, potwierdzając niezwyciężoną wszechmoc Boga”. Przyznał, że tak, „ale w zupełnie innym sensie niż przywykliśmy myśleć”. „W ten sposób chciał nam powiedzieć, że po cierpieniu nie należy oczekiwać zewnętrznego, widzialnego triumfu, takiego jak ziemska chwała. Triumf jest dany w tym, co niewidzialne i jest nieskończenie wyższego rzędu, ponieważ jest wieczny! Dowodem tego są męczennicy dnia wczorajszego i dzisiejszego” - podkreślił kaznodzieja Domu Papieskiego.

Przypomniał, że w przeszłości chętnie mówiono o „Kościele triumfującym”, wspominając „powody historyczne”. „Dziś zdajemy sobie sprawę, jak bardzo ten rodzaj triumfu różnił się od triumfu Jezusa. Nie osądzajmy jednak przeszłości. Zawsze grozi nam, że będziemy niesprawiedliwi osądzając przeszłość z mentalnością teraźniejszości” - przestrzegł włoski kapucyn.

W rozbudowanej Modlitwie Powszechnej proszono Boga w intencjach całego świata: za Kościół, papieża, wszystkie stany Kościoła, katechumenów, o jedność chrześcijan, za żydów, niewierzących w Chrystusa, niewierzących w Boga, rządzących państwami oraz za „strapionych i cierpiących”.

Do tych tradycyjnych 10 wezwań po raz kolejny dołączono modlitwę w intencji „cierpiących z powodu wojny”: „Módlmy się za narody rozdarte okrucieństwem wojny. Niech ich łzy i krew ofiar nie będą przelane na próżno, ale przyspieszą erę pokoju, która wypływa z chwalebnych ran Chrystusa Jezusa. Miłosierny i mocny Boże, który wygaszasz wojny i poniżasz pysznych, oddal jak najszybciej od ludzkości okrucieństwa i łzy, aby wszyscy mogli naprawdę być nazywani Twoimi dziećmi. Przez Chrystusa Pana naszego”.

Kolejną częścią Liturgii Męki Pańskiej była adoracja krzyża. Przy trzykrotnie powtórzonym śpiewie: „Oto drzewo Krzyża, na którym zawisło Zbawienie świata” diakon podnosił w górę krucyfiks, który niósł nawą główną bazyliki, a wierni klękali. Nastąpiła adoracja Krzyża: najpierw Franciszek ucałował postać Ukrzyżowanego, po czym ten gest, podchodząc do krucyfiksu, powtórzyli kardynałowie i niewielka grupa uczestników liturgii. Na koniec papież wzniósł krucyfiks w górę na chwilę adoracji dla wszystkich zgromadzonych.

Liturgię Męki Pańskiej zakończyła Komunia święta. Konsekrowane Hostie pochodziły z Mszy św. Wieczerzy Pańskiej, odprawionej w Wielki Czwartek, gdyż w Wielki Piątek Kościół katolicki nie sprawuje Eucharystii. W tej części liturgii papieża przy ołtarzu zastąpił prefekt Dykasterii ds. Duchowieństwa kard. Lazarus You Heung-sik z Korei Południowej.